Такой краситель, также называемый «кислотный сине-черный», чаще всего находит применение в микроскопии. Его используют в целях окраски продуктов электрофореза, полученных в полиакриламидном геле в виде насыщенного раствора, при этом также добавляется десять граммов уксусной кислоты (ледяной) и 90 граммов метилового спирта. Амидо-черный часто используется для колориметрического определения процентного содержания белка в молоке, в клинической диагностике он находит применение при электрофоретических исследованиях сыворотки крови, в гистохимии и биохимии амидо-черный используется для выявления белков.